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全基因组关联分析

GWAS(Genome-wide association study)、即全基因组关联分析、筛选出影响复杂性状的基因变异的一种策略，进行基因型和表型间相关性分析，是通过扫描基因组中数以百万计的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）分子标记。

Schematic diagram

技术示意图

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Results Display

结果展示

  • 关联分析 /                            
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    曼哈顿图为经F检验的全基因组P值按染色体上物理位置排序图、横坐标为基因组坐标，纵坐标-log10P，P值越小纵坐标越大关联性越强。
  • 群体主成分分析 /                            
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    主成分分析（PCA）是一种数学的运算方法，可以将多个相关变量经过线形转换选出较少个数的重要变量，基于个体基因组SNP差异程度。
  • 构建单体型图谱 /    
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    利用全基因组SNPs构建单倍型图谱，可以分析显著关联SNP位点之间、候选基因内各SNP位点之间的LD关系以及单体型和性状之间的相关性。